火影忍者中的禁术往往以强大威力著称，但伴随的副作用同样不可忽视。多重影分身之术作为A级禁术，对查克拉消耗极大，普通忍者使用可能导致查克拉枯竭甚至危及生命。该术分出的每个分身具有独立意识，回归本体时会带来精神负荷，大量分身同时解除可能造成施术者意识混乱或昏迷。
秽土转生作为S级禁术，虽能复活死者并操控其作战，但需以活人作为祭品，违背伦理道德。施术者若控制力不足，可能遭到复活者的反噬。该术对查克拉和精神力的要求极高，长时间维持复数秽土体可能导致施术者身心崩溃。药师兜在第四次忍界大战中过度使用此术，最终因精神负荷过重陷入伊邪那美的循环幻术。
伊邪那岐与伊邪那美是宇智波一族的瞳术禁术。伊邪那岐能改写现实，将不利因素转化为梦境，但每次使用会永久关闭一只写轮眼。伊邪那美则通过强制对手陷入循环幻境来破解伊邪那岐，同样需牺牲写轮眼的光明。这两种术对瞳力消耗极大，频繁使用会导致施术者失明，且无法通过常规医疗手段恢复。
八门遁甲通过解除身体限制获得爆发性力量，但开启死门后必然死亡。即使未达死门，前七门也会造成肌肉撕裂、骨骼碎裂等不可逆损伤。纲手的百豪之术和创造再生能高速治愈伤势，却以加速细胞分裂为代价，长期使用会缩短寿命。尸鬼封尽直接以灵魂为代价召唤死神，施术者与被封印者均会永堕死神腹中，属于同归于尽的终极封印术。
禁术的副作用本质是力量与代价的平衡。部分术式需牺牲生命或身体机能，另一些则触及伦理禁忌。理解这些副作用有助于在实战中权衡使用时机，避免因盲目追求威力而陷入不可挽回的境地。
