技能系统是战斗机制的核心组成部分，部分技能确实存在超出表面描述的隐藏效果。通过分析游戏内技能数据与实战表现可以发现，诸如百万吨拳击与百万吨飞腿这类高威力技能，除了基础伤害数值外，其命中率与属性相性往往被玩家低估。月见山区域NPC教授的两个格斗系技能，在实际战斗中可能触发特殊的暴击率加成，这种机制并未在技能描述中明确标注。
深入探究特殊技能获取途径时，正辉家剧情获得的船票关联着圣安奴号游轮事件链，该支线最终奖励的HM01一字斩具有双重功能。作为关键道具可清除路障推进主线，同时作为战斗技能时，其草属性克制效果对水系道馆具有战略价值。火箭队基地任务线获取的挖洞技能同样存在战术价值，地下四层击败坂木后获得的观测镜道具，与紫苑镇宝可梦塔的幽灵系对战存在隐藏关联性。
技能学习时机对战斗效率产生显著影响。华蓝市道馆战后获取的自行车加速移动功能，与月见山化石选择形成时间节点上的策略抉择。早期获取的闪光技能在岩山隧道应用时，除照明基础功能外，可能影响特定野生宝可梦的出现概率。游戏中期彩虹市百货大楼顶层的自动售卖机饮料兑换事件，提供的技能机器存在属性加成叠加效应，这种叠加在道馆战中会产生额外效果。
枯叶市道馆的垃圾桶机关解谜机制，与后续获得的金珠道具存在潜在联系。常磐森林捕获的派拉斯携带麻痹粉技能，与尼比市道馆岩石系宝可梦的对战中，异常状态触发概率明显高于理论值。游戏内多个NPC赠送的教学电视与技能熟练度存在数据关联，这种关联在后期七之岛任务链中体现得更为明显。
最终阶段的技能配置需要综合考虑隐藏属性。三神鸟捕获事件中，睡眠粉技能的成功率与宝可梦等级差存在非线性关系。希鲁佛公司救援任务获得的大师球，与游戏内特定技能的捕获加成存在程序逻辑上的关联。紫苑镇宝可梦塔的幽灵系对战机制，实际上受到队伍中已习得诅咒类技能的数量影响，这种影响在数据层面有明确体现但未在界面显示。
