少年三国志2的玩法内容一直在持续扩展，新的副本与挑战是保持游戏活力的关键部分。再上昆仑副本就为玩家带来了全新的探索体验。这个副本拥有独特的地图机制，玩家在路线探索时需要遵循绿色箭头的指引，遇到岔路时优先选择上方路线往往能更有效地推进。地图中散布着许多隐藏元素，比如黄色的符纸和宝箱，它们常常藏在不起眼的角落或机关附近，控制台的柱子旁也是寻找隐藏宝箱的好地方，收集这些资源能获得额外的增益效果，对后续的战斗大有裨益。副本内还设置了按颜色区分的传送阵，相同颜色的传送阵可以互相连通，合理规划和利用这些传送阵能够大幅节省在地图中移动的时间，提升通关效率。
除了像再上昆仑这样的独立新副本，游戏中的时空外传系列也在不断更新，为玩家提供持续的挑战。例如时空外传·逍遥策马章节，就要求玩家在复杂的地图中通过传送连接多个区域，并操纵机关来推进。本章包含了特定数量的宝箱和一个名为鸣擂鼓的章节宝物，玩家需要仔细探索地图，与NPC如张辽、凌统等对话推进剧情，并在布满尖刺陷阱的区域中谨慎行动才能收集齐全。这类外传副本通常拥有独立的剧情线和通关目标，其解谜与战斗相结合的设计，对玩家的策略思考和阵容强度都提出了新的要求。
对于追求高强度战术对抗的玩家，游戏也会更新以特定强力武将为焦点的挑战副本。例如以夏侯渊为核心的副本，其关卡设计就紧密围绕该武将高爆发、后排输出兼带减怒控制的技能特性展开。要想通关，玩家需要深入理解敌方阵容的行动规律和核心机制，并针对性配置己方拥有减怒、控制或增益效果的武将。在阵容搭配上，考虑武将之间的合击技能联动，例如夏侯惇与夏侯渊的组合，以及站位布局将输出武将置于安全位置都至关重要。这类副本不仅是战力的检验，更是对玩家武将培养深度和战术搭配灵活性的综合考验。
游戏的挑战体系也涵盖了不同难度和题材的副本，以满足各类玩家的需求。例如作为新手入门导向的刘备传列传副本，整体难度较为平易，引导玩家通过对话、简单任务和选项抉择来体验剧情并完成桃园结义。而在玩家通关主线剧情后，副本还会开放自由探索模块，其中包含需要收集特定物品的奇遇任务，鼓励玩家进行更细致的探索以获取丰厚奖励。从入门级的剧情体验到高难度的机制挑战，这些持续推出的副本共同构建了一个层次丰富、可持续挑战的PVE环境。
